Based on Edrei Tzon by Rabbi Abba Tzvi Naiman http://beta.hebrewbooks.org/52758
(ו) רַבִּי יוֹחָנָן אוֹמֵר לְעוֹלָם אַל תְּהִי מִצְוַת הָעֹמֶר קַלָּה בְּעֵינֶיךָ שֶׁעַל יְדֵי מִצְוַת הָעֹמֶר זָכָה אַבְרָהָם לִירַשׁ אֶת אֶרֶץ כְּנַעַן, הֲדָא הוּא דִכְתִיב (בראשית יז, ח): וְנָתַתִּי לְךָ וּלְזַרְעֲךָ אַחֲרֶיךָ, עַל מְנָת (בראשית יז, ט): וְאַתָּה אֶת בְּרִיתִי תִּשְׁמֹר, וְאֵיזֶה זֶה מִצְוַת הָעֹמֶר.
Rabbi Yochanan said, Don't treat the mitzvah of omer lightly, because through this mitzvah, Avraham merited to inherit the Land of Israel.
ומן הנסים הגדולים המפורסמים אדם מודה בנסים הנסתרים שהם יסוד התורה כלה, שאין לאדם חלק בתורת משה רבינו עד שנאמין בכל דברינו ומקרינו שכלם נסים אין בהם טבע ומנהגו של עולם, בין ברבים בין ביחיד, אלא אם יעשה המצות יצליחנו שכרו, ואם יעבור עליהם יכריתנו ענשו, הכל בגזרת עליון כאשר הזכרתי כבר (בראשית יז א, ולעיל ו ב) ויתפרסמו הנסים הנסתרים בענין הרבים כאשר יבא ביעודי התורה בענין הברכות והקללות, כמו שאמר הכתוב (דברים כט כג-כד) ואמרו כל הגוים על מה עשה ה' ככה לארץ הזאת, ואמרו על אשר עזבו את ברית ה' אלקי אבותם, שיתפרסם הדבר לכל האומות שהוא מאת ה' בעונשם. ואמר בקיום וראו כל עמי הארץ כי שם ה' נקרא עליך ויראו ממך. ועוד אפרש זה בעזרת השם (ויקרא כו יא):
And from the great public miracles, a person can [also] concede to hidden miracles, which constitute the foundation of the entire Torah. As a person does not have a share in the Torah of Moshe, our teacher, until we believe that all of the things and events we [encounter] are all miracles [and] there is no nature or custom of the world with them, whether with regard to the many or to the individual. But rather, if one does the commandments, his reward will bring him success and if the transgresses them, his punishment will cut him off - everything is the decree of the Most High, as I have already mentioned (Ramban on Genesis 17:1, and Exodus 6:2). And hidden miracles regarding the many become publicized when they come from the objectives of the Torah in [the form] of the blessings and the curses, as the verse stated (Deuteronomy 29:23-24), "All the nations will say, 'Why did the Lord do thus to this land?'[...] They will say, 'Because they forsook the covenant of the Lord, God of their fathers," such that it will be publicized to all of the nations that it is from the Lord, as their punishment. And regarding the fulfillment [of the commandments], it states (Deuteronomy 28:10), "And all of the peoples of the land will see that the name of the Lord is called upon you and they will fear from you.'" And I will explain this more with God's help (Ramban on Leviticus 26:11).
(א) ופי' דבר זה הוא דבר מופלג ועמוק וזה כמו שבארנו כי הדבר הזה והנס הזה היה בזמן שלא היו ניסים ונפלאות בעולם אלא עולם היה נהוג כמנהגו כי בזמן בית ראשון היו ניסים ונפלאות בעולם ולפיכך אמר ג"כ שמצות העומר עמדה להם בימי גדעון כי בזמנו ג"כ לא היה נסים נעשה להם כמו שאמר גדעון אל המלאך ויש ה' עמנו ולמה מצאתנו כל זאת ואיה כל נפלאותיו אשר ספרו לנו אבותינו וגומר (שופטים ו, יג) שתראה מזה כי לא היו ניסים בימים ההם ולפיכך עמדה להם מצות העומר כי העומר מביאין אל הקב"ה בשביל שהוא מנהג הטבע ואין הטבע מעצמו אבל הוא יתברך מנהיג הטבע
The mitzvah of omer stood as a merit for the Jews during times when there were no open miracles, such as the time of Gideon and the time of Purim. The omer is brought from something physical, and it teaches us that Hashem is the one who rules over nature.