סדר הנחת הפרשיות בתפילין והמהדרים אשר להם ב' זוגות תפילין ובו ד"ס:
סדר הנחתן בבתים לרש"י והרמב"ם קדש משמאל המניח בבית החיצון ואחריו כי יביאך בבית שני ושמע בבית השלישי והיה אם שמוע בבית הרביעי שהוא בית החיצון לימינו ולר"ת בבית הג' והיה אם שמוע ובבית הד' שהוא החיצון שמע ומנהג העולם כרש"י והרמב"ם: The order of the placement [of the head tefillin scrolls] in their compartments [is as follows]: per Rashi and Rambam, [the] "Kadesh" [scroll] goes in the compartment furthest to the left of the one wearing the tefillin, in the compartment on the left edge of the tefillin. After it is [the scroll] "Ki Yeviacha" in the second compartment [counting from the left of the wearer], and [the scroll] of "Shema" in the third compartment, and [the scroll of] "Vehayah Im Shamoa" in the fourth compartment, which is the external compartment on the wearer's right. According toe Rabbenu Tam, in the third compartment one places "Vehayah Im Shamoa" and in the fourth compartment - that is the external one - Shema. And the popularly accepted custom is to follow Rashi and Rambam's view.
ירא שמים יצא ידי שניהם ויעש' שתי זוגות תפילין ויניח שניהם ויכוין בהנחתן באותם שהם אליבא דהלכת' אני יוצא ידי חובתי והשאר הם כרצועות בעלמא כי מקום יש בראש להניח שני תפילין וכן בזרוע ואם אינו יודע לכוין המקום ולהניח שניהם יחד יניח כדברי האחד של יד ושל ראש (ויסלקם מיד) ויניח האחרים על סמך ברכה ראשונ' (וי"א שאם) לא יוכל להניח בבת אחת יניח של רש"י ויברך עליהם ויהיו עליו בשעת ק"ש ותפלה ואחר התפלה יניח של רבינו תם בלא ברכ' ויקרא בהם שמע והיה אם שמוע: One who fears Heaven will seek to fulfill the commandment according to both views, by making two pairs of tefillin and wearing both. He shall have the intent upon putting them on that, "With the pair that correctly express the true halacha I am fulfilling my obligation, and the remainder are just ordinary straps." [And this is possible to do] as there is space on the head to wear two pairs of tefillin and likewise on the arm. If he does not know the precise place such that he could wear them both simultaneously, then he shall wear according to one view [the tefillin] of arm and head (outtake: and remove them immediately) and then place the other set [upon himself] in reliance on his initial blessing. If (outtake: and there are those who say) he cannot wear them both simultaneously, he should wear those [made according to] Rashi's view and bless upon them and they should be upon him at the time of reading Shema and the Tefilah [aka Shemoneh Esreh]. Then after the Tefilah he shall place tefillin of Rabbenu Tam without a blessing and read, while wearing them, [the paragraphs of] Shema and Vehayah Im Shamoa.
לא יעשה כן אלא מי שמוחזק ומפורסם בחסידו': One shouldn't follow the above practice [of wearing two sets of tefillin, i.e. also wearing those of Rabbenu Tam] unless he is habituated in [muchzak translated per the basis of chazakah] and well-known for [his] piety.
לא יניח ב' הזוגות בכיס אחד שהאחד מהם הוא חול ואסור להניחו בכיס תפילין אלא יעשה שני כיסין וסימן לכל כיס שלא יתן של זה בזה: One shouldn't place two pairs of tefillin in a single pouch, since one of the pairs is profane (relative to the other) and it is prohibited to place it in the same pouch as the [pair that truly are] tefillin. Rather he should make two pouches and a sign on each so that he shouldn't place one set in the other set's pouch.