נהגו שיהא מגוללת -
ולא סגי בכיסוי בעלמא וכתב הט"ז דלפי מנהג זה שוב א"צ כיסוי והכיסוי הוי טרחא יתירא ורק בעת שאומרים קדיש אחר הקריאה שפיר יש לכסות דאז מסתלק מן הקריאה וה"ה כל מקום שיש זמן ארוך כגון שמזמרין לחתן או שמאריכין במי שברך אז מכסין בסודר [אחרונים]:
The custom is to cover it [the Torah] -
And it is not appropriate to use just any cover; the Taz (David HaLevi Segal) wrote that despite this minhag, we don't need to cover it in general [between aliyot]. Covering [the Torah] is too much of a pain, and you only need to at the time when they say Kaddish after the leyning. It's appropriate to cover it then since there is a pause between the readings. The rule is that any situation in which there is a long time [between aliyot], like when they call up a chatan [i.e. when they sing to call a b-mitzvah up for an aliyah] or there is a lengthy mi shebeirkah, then we cover [the Torah] in the way they suggest.
לנהוג בה ע"י סרסור -
נוהגין שהגבאי או הקונה המצות עומד אצל ס"ת וזה נקרא סגן כדי שיהיה ג' היינו שהסגן הוא כביכול במקום הש"י שהוא מצוה לקרות לכל מי שירצה והקורא הוא הסרסור במקום משה והעולה הוא המקבל במקום כל ישראל ובשליחותם [לבוש] ובאמת זהו מנהג הקדמונים שיהו שלשה עומדים אצל ס"ת כמו שכתוב במסכת סופרים פי"ד הי"ד [והובא זה באו"ז הלכות שבת] אלא ששם איתא טעם אחר לזה וז"ל אינו מן המובחר שיעמוד החזן יחידי לפני התיבה אלא שיעמדו עמו אחד לימינו ואחד לשמאלו כנגד האבות.
Our custom is to have a middleman -
It is our custom that the gabbai or the one who purchased the mitzvah [i.e. made a donation to the shul for this honor] stands next to the Torah - this person is called the "sgan" [assistant] - such that there will be three people [standing by the Torah]. The sgan is, metaphorically of course, in place of the Holy Blessed One - since they are present for all who desire it [the Torah]; the reader is the middleman in the place of Moshe; and the oleh [person having the aliyah] is the receiver [of Torah] in the place of all Israel as their shaliach [agent]. And in truth, this is an early minhag that three people would stand before the Sefef Torah, as it is written in the 14th chapter, 14th halakha of Masekhet Sofrim. [And it's brought in the Or Zarua: Hilkhot Shabbat halakhic work of the Riaz] However, there it suggests a different reason: "It is inappropriate for the leader to stand alone before the ark, rather someone should stand on their right and on their left, analagous to the Avot [Avraham, Yitzhak, Yaakov = 3]