בחורף תש"ב (תחילת מרץ 1942), נחתה על יהודי סלובקיה הגזרה הנוראה של גירוש לפולין. בתחילה שולחו רק צעירים וצעירות, אך במהרה התרחבה הגזרה גם לבעלי משפחות, קשישים וילדים. בתקופה זו ברחו אלפי יהודים להונגריה, בגל שכונה בשם "טיול", ונקלטו על ידי הקהילות שם. חייהם שם לא היו קלים, עקב מעקב המשטרה ההונגרית ועל רקע מצבם הכלכלי הקשה וחששותיהם של יהודי הונגריה שחיו באווירה אנטישמית מובהקת.
הגירושים מסלובקיה למחנות המוות בפולין הופסקו למשך שנתיים, מאדר תש"ב (חורף 1942) עד אב תש"ד (קיץ 1944), בעקבות המו"מ של "קבוצת העבודה" (כינוי לקבוצת הפעילים בסלובקיה) עם ויסליצני ואייכמן, ובהתאם ללוח הזמנים שקבעו הנאצים לגבי הפתרון הסופי בסלובקיה.
הונגריה שמרה בתקופה זו על עצמאות מסוימת, אם כי הייתה בת ברית של גרמניה, והייתה מן היחידות שלא יישמו את המדיניות הנאצית אלא פיתחו מדיניות אנטישמית עצמאית, זאת עד לכיבוש הונגריה על ידי הנאצים במרץ 1944.
בשנים שקדמו לכיבוש הייתה הונגריה מקום מקלט ליהודים רבים אשר נמלטו מסלובקיה. עם כיבושה של הונגריה החלה תנועת מנוסה חזרה לסלובקיה. הרב טייכטל היה בין אלו אשר נמלטו להונגריה בעת הגירושים. הוא חי כפליט בהונגריה עד לכיבושה, ואז נמלט חזרה לסלובקיה. אולם, "תקופת השקט" בסלובקיה הסתיימה בחודשים אב-אלול תש"ד (אוגוסט 1944) אז החלה להתגבר פעילות המחתרת הסלובקית בעקבות התקרבות הצבא הסובייטי לגבולות המדינה, עד שהפכה לכדי מרד של ממש. היציבות במדינה התערערה ויחידות שלמות בצבא ערקו לכוחות המורדים. בתגובה פנה הנשיא טיסו אל היטלר בבקשת עזרה, והלה נענה.
בי' באלול תש"ד (29 באוגוסט 1944) נכנסו כוחות צבא וס"ס גרמניים לתחומי סלובקיה, ואז פרץ המרד הסלובקי באופן מלא. יהודים רבים נטלו בו חלק פעיל. בתחילה נחל המרד הצלחות מרשימות ואזורים שלמים שוחררו מעול הנאצים, אולם עד מהרה התעשתו הכוחות הגרמניים, ועד לסוף חודש אוקטובר דוכא המרד באכזריות.
עם תום המרד התחדש ביתר שאת מסע הרצח נגד היהודים בסלובקיה. גל של מעצרים ורציחות שבוצעו בידי הנאצים ו"משמר הלינקה" שטף את המדינה. כמו בשנת תש"ב (1942) שוב רוכזו היהודים במחנה סרד, ובתוך חצי שנה, מראשית תשרי עד ניסן תש"ה (אוקטובר 1944 עד מארס 1945) הוגלו כ-13,500 יהודים, בעיקר לאושוויץ, ומיעוטם למחנות בגרמניה ולטרזינשטט.