ספר ויקרא כולל מצוות רבות, חלקן מובנות ופשוטות, וחלקן, כמו אלה שבפרשות תזריע ומצורע לא מובנות כלל או שפרטים מתוכם לא מובנים או שלא ניתן כלל לקיימן בתנאים של היום. השאלה העקרונית היא האם חשוב להבין את טעמי המצוות או שיש להסתפק בכך שהן ניתנו על ידי האל ואולי אפילו לא נכון לנסות ולהבין אותם. לרמב״ם במורה נבוכים יש עמדה נחרצת בעניין והיא מנוסחת בלשון חריפה:
הרמב״ם, מורה נבוכים, חלק ב׳ף פרק ל״א
יש אנשים שקשה להם מתן טעם למצוה מן המצוות. רצוי להם ביותר שלא תושכל לציווי ולאיסור כל משמעות. מה שמחייב להם את זאת היא מחלה שהם חשים בנפשותיהם שאין הם מסוגלים לדבר עליה ואין הם מיטיבים להביעה. כי הם סוברים שאילו היו המצוות האלה מועילות למציאות זאת, ונצטווינו בהן משום כך וכך, אזי כאילו באו מתוך מחשבתו ושיקול-דעתו של בעל שכל. אבל אם הן דבר שאין מושכלת לו משמעות כלל, ואין הן גורמות תועלת, אזי הן באו בלי ספק מן האל, כי אין מחשבתו של אדם מביאה לדבר מזה. בעיני חלשי שכל אלה האדם הוא, כביכול, שלם יותר מיוצרו, מפני שהאדם הוא אשר אומר ועושה מה שמביא לתכלית כלשהי, והאל אינו עושה זאת, אלא מצוה עלינו לעשות מה שעשייתו לא מועילה לנו, ואוסר עלינו מה שעשייתו לא מזיקה לנו.
הדבר שונה. כל הכוונה היא להועיל לנו, כמו שהסברנו את דברו דברים ו', 24 ׳לטוב לנו כל הימים לחיתנו מהיום הזה׳. ואמר שם, ד', 6: ׳אשר ישמעון את כל החקים האלה ואמרו רק עם חכם ונבון הגוי הגדול הזה׳. הרי שאמר במפורש שאפילו החוקים כולם מורים בעיני כל האומות שהם בחכמה ותבונה. אילו היה דבר שאין יודעים את טעמו ואינו מביא תועלת ואינו דוחה נזק, מדוע ייאמר על המאמין בו, או העושה אותו, שהוא חכם ונבון ורב-ערך, ויעורר פליאה באומות?
אלא העניין בלי ספק כמו שציינו, שכל מצוה משש מאות ושלוש-עשרה מצוות אלה באה או לתת דעה נכונה או להסיר דעה פסולה, או לתת משפט צדק, או להסיר עשק או לחנך למידה טובה, או להזהיר מפני מידה גרועה. הכול תלוי בשלושה דברים, בדעות [עבודה זרה], במידות [גילוי עריות] ובמעשי הנהגת המדינה [שפיכות דמים - עניינים חברתיים].
גם הרב קוק סבור שהעיסוק בטעמי המצוות הוא חשוב והכרחי, במיוחד בדורנו:
הרב קוק, טללי אורות, א
כשאנו נכנסים לתוך אותה החלקה הרחבה להמקצוע הגדול של דרישת טעמי המצות, לא נוכל להפטר מהשתוממות על דלות ההפריה בחלק הספרותי החשוב מאד הזה, שלפי תכנו היה ראוי להיות דשן ורחב הרבה יותר משאר מקצעותיה של דרישת התורה. בדורנו זה הננו מרגישים הרבה את חסרון החקירה במחקר הזה החשוב מאד; הדאגה על דבר חזוק היהדות, העיונית והמעשית, מקפת את החלק היותר נכבד מבעלי הכשרון שבקרבנו, העומדים במעמד מוצק וקים על בסיס היהדות ונכונים להקריב את נפשם עליה. ולכאורה דבר פשוט הוא, שיסוד התחיה ותגברת החיים ואפילו העמדת הכחות במצבם ההוה, צריך הוא להמשך מהזלת אור חיים פנימים, מלח טל של דעה ורגש, הגורם לחבב ולהעמיד את המעשים הנסמכים עליהם. ולתכלית זו הלא העבודה היותר נצרכה היא: הרחבת הדרישה בטעמי המצות באופן עמוק, המלא חיים מקוריים.
המצוות בפרשות תזריע מצורע נוגעות בטומאה הנובעת מהריון, נגע צרעת - בבשר, בראש ובזקן, בבגד, ובבית, בשכבת זרע, ונידה - בטיפול בהם, בהקרבת קורבנות ובטקסים המורכבים המטהרים את הטמאים בהם.
זֹ֖את הַתּוֹרָ֑ה לְכָל־נֶ֥גַע הַצָּרַ֖עַת וְלַנָּֽתֶק׃ וּלְצָרַ֥עַת הַבֶּ֖גֶד וְלַבָּֽיִת וְלַשְׂאֵ֥ת וְלַסַּפַּ֖חַת וְלַבֶּהָֽרֶת
לְהוֹרֹ֕ת בְּי֥וֹם הַטָּמֵ֖א וּבְי֣וֹם הַטָּהֹ֑ר זֹ֥את תּוֹרַ֖ת הַצָּרָֽעַת... זֹ֥את תּוֹרַ֖ת הַזָּ֑ב וַאֲשֶׁ֨ר תֵּצֵ֥א מִמֶּ֛נּוּ שִׁכְבַת־זֶ֖רַע לְטָמְאָה־בָֽהּ׃
במורה נבוכים מחלק הרמב״ם את המצוות ל-14 קבוצות והקבוצה השתים-עשרה ״כוללת את המצוות הקשורות בטומאות ובטהרות.״ וההסבר שהוא נותן להן הוא מפתיע הרמב״ם, מורה נבוכים, חלק ב׳, פרק ל״ה: ״כוונת כולן באופן כללי הימנעות מלהיכנס למקדש, כדי שתהיה לו רוממות בנפשות ושייראו ויחרדו ממנו״.
הרמב״ם, מורה נבוכים, חלק ב׳, פרק מ״ז
כבר הסברנו שכל הכוונה במקדש שתיווצר היפעלות בלב הפונה אליו ושיפחד ויירא, כמו שאמר ויקרא י"ט, 30: ׳ומקדשי תיראו׳. וכל דבר שמעריצים אותו, כאשר המגע עמו מתמשך - פוחת (הרושם) שלו בנפש ומתמעטת ההיפעלות שהיתה נוצרת ב(אדם). החכמים ז"ל הסבו את תשומת-הלב לעניין זה ואמרו שלא רצוי להיכנס למקדש בכל עת והסמיכו זאת על דברו משלי כ"ה, 17 ׳הֹקַר רַגְלְךָ מִבֵּית רֵעֶךָ פֶּן־יִשְׂבָּעֲךָ וּשְׂנֵאֶךָ׃׳. ומכיוון שזאת היתה הכוונה, אסר יתעלה על הטמאים להיכנס למקדש על אף ריבוי מיני הטמאות עד כדי שלא תמצא אדם טהור אלא לעתים רחוקות. שהרי אם ניצל אדם מלגעת בנבלה לא יינצל מלגעת באחד משמונה שרצים המרבים בבתים ובמאכלים ובמשקאות, והאדם מרבה להיכשל בהם. ואם הוא ניצל מזה, אין הוא ניצל מלגעת בנדה או בזבה או בזב או במצורע או במשכבן. ואם ניצל מזה אינו ניצל משכיכת אשתו או מקרי. אף אם הטהר מן הטמאות האלה אין הוא רשאי להיכנס למקדש עד אשר יעריב שמשו. ולא ניתן להיכנס למקדש בלילה... ובאותו לילה הוא עשוי לרוב לבוא על אשה או שיארע לו אחד מגורמי הטומאה. ואזי הוא ישכים בבוקר (טמא) כביום אתמול. כל זה גורם לריחוק מהמקדש ושלא יתדפקו על שעריו בכל עת. יודע אתה את לשונם משנה, יומא, פרק ג', משנה ג: ׳אין אדם נכנס לעזרה לעבודה, אפילו טהור, עד שהוא טובל׳. במעשים אלה תתמיד היראה ותיווצר ההיפעלות המביאה לשפלות-הברך המבוקשת...
כל אלה, כוונתי לנדה וזב וזבה ומצורע ומת ונבלה ושרץ ושכבת זרע, הם גם דברים הנחשבים למלוכלכים. לכן הושגו בדינים אלה תכליות רבות. אחת מהן התרחקות מן הלכלוכים, השנייה שמירת המקדש, השלישית התחשבות ב(מה שהיה) מפורסם ומקובל, היה מן המטלות הקשות של הצאביה [העבודה הזרה הקשה שהייתה נהוגה אז] באשר לטומאה... ורביעית הקלת הקושי הזה ושעניין הטומאה והטהרה לא יעכב את האדם משום עיסוק מעיסוקיו, מפני שעניין זה של טומאה וטהרה אינו קשור אלא בקודש וקדשים ותו לא ויקרא י"ב , 4: ׳בְּכָל־קֹדֶשׁ לֹא־תִגָּע וְאֶל־הַמִּקְדָּשׁ לֹא תָבֹא׳. מחוץ לזאת אין בו עוון אם יישאר טמא ככל שירצה ויאכל חולין טמאין כרצונו...
מנהג מפורסם של הצאביה [כת של עבודה זרה] עד זמננו זה בארצות המזרח, כוונתי לשארית הזורואסטרים, שהנדה תהיה בבית לבדה, המקומות שהיא דורכת עליהם נשרפים, מי שמדבר אליה נטמא, ואף אם נושבת רוח על הנידה ועל איש טהור הוא נטמא... מנהג מפורסם שלהם עד זמננו זה שכל הפורש מן הגוף, כגון שערות, ציפורניים, או דם - טמא. לכן כל סַפָּר טמא, לדעתם, מפני שהוא נוגע בדם ובשער; וכל המתגלח טובל במי מעיין. מטלות כגון אלה רבות אצלם מאוד. ואילו אנחנו איננו טוענים (שיש) טומאה וטהרה אלא (רק ביחס) לקודש ומקדש.
הרב קוק, טללי אורות, א
החוט החורז העובר בתוך טעמי המצות של הרמב"ם ז"ל הוא: יסוד מחית עבודה זרה". בזה יש אמנם כח קולטורי יפה של העבר, המפיח ג"כ רוח חיים אידיאליים, גאון לאומי של השתתפות גדולה בבנין העולם הרוחני והתרבותי, אבל בטבעו הוא הולך ומתחלש, כי נקודת הזוהר היותר עליונה אצלו הוא העבר. ואולם באמת הרי היסוד היותר עקרי הגנוז ומקופל בטעמי המצות ונמוקיהן הוא העתיד; העבר לבדו, אעפ"י שהוא נכבד מאד, מ"מ יכול הוא לבוא עד לכדי ערך של ידיעה ארכיאולוגית, שאין בה תוכן לחיים בפועל, וההוה לבדו בודאי לא יספיק להזריח אור אידיאלי המרומם את הרוח, וממלאהו שירה והופעת קדש. ואולם כאשר יגיע זרם החיים של העבר, דרך ההוה, אל העתיד הגדול ההולך ומאיר, או אז ישתלמו תנאי החיים בתוך הרוח המדעי הזה, הן בעצם יקרת המדע הנשגב הזה לעצמו והן בפעולתו לתחית היהדות. אבל כל עוד שלא יחובר אל העבר זרם מקורי הזורם בכח מהעבר העתיק ומתפלש בכח בהוה ומוסיף אמץ ואורה לעתיד נשגב המלא צפיות אידיאליות לרוממות וחיים, הוא עלול להלביש את היהדות בצורה ארכיאולוגית.
אין זה המקום להרחיב בכך, אך יש לדעת שהרב קוק מעמיד תפיסה שיטתית המאפשרת לראות את ה״אור הזרוע בטעמי המצות כולן והמוטבע בהן באופן שהוא נשאר בכל מעמדי החיים למקור נאמן לכל התביעות התרבותיות, הרוחניות והמעשיות היותר מתוקנות״ ובכך להוביל לתיקון הן של הנפש האנושית האינדיבידואלית והן לתיקון האומה הישראלית ומתוך כך לתיקון העולם כולו.