אתה חסר כו' או מייתר אות א' מחריב כו' פירשו בתוס' כמו בראשית בראו וי"מ כו' כגון הוה על כו' ע"ש ובחסר לא פירשו כלום וי"ל בפשיטות גם בחסר לפי שהתורה באותיותיה הם שמותיו של הקב"ה והוא דרך הנסתר של התורה שהיתה כתובה לפניו באש שחורה על גבי אש לבנה ובהן ברא הקב"ה את עולמו ומקיימו ונמצא המחסר אות א' הרי הוא מחריב קיומו וק"ל: "Lest you omit" etc. "or add a single letter, you will destroy"etc.
There are those who understand this teaching according to its literal understanding. Since the entire Torah is one of God's names, omitting one letter would destroy everything.
The mystical way explains that Torah is comprised of Black fire overlaid on White fire. It was through these that the Holy One created and maintains the world. If a single Torah letter were missing, the world would cease to exist.