(א) (א) ירחץ ידיו וכו' - יש ע"ז שני טעמים הרא"ש כתב לפי שידים של אדם עסקניות הן וא"א שלא יגע בבשר המטונף בלילה לזה תקנו חז"ל ברכה על הנטילה לק"ש ולתפלה והרשב"א כתב לפי שבשחר אחר השינה אנו נעשים כבריה חדשה דכתיב חדשים לבקרים רבה אמונתך צריכין אנו להודות לו יתברך שבראנו לכבודו לשרתו ולברך שמו ועל דבר זה תקנו בשחר כל אותן הברכות שאנו מברכין בכל בוקר לכן גם דבר זה תקנו בשחר להתקדש בקדושתו וליטול ידינו מן הכלי ככהן שמקדש ידיו מן הכיור קודם עבודתו. ולהלכה אנו תופסים כשני הטעמים לחומרא לענין נטילה וכדלקמן בזה הסימן. ואם לא בירך ענט"י קודם התפלה שוב לא יברך אחר התפלה לכו"ע [ח"א]:
(א) ירחץ ידיו ויברך "על נטילת ידים". הגה: ויש אומרים גם אשר יצר, ואפילו לא עשה צרכיו, וכן נהגו) (אבודרהם). מים הפסולים לנטילת ידים לסעודה לקמן (סימן ק"ס) כשרים לנטילת ידים לתפילה. מיהו יש מי שאומר דלא מברך עלייהו.
(1) One should rinse his hands and recite the benediction "concerning the taking of the hands". Rema: Some say to also recite "Who created...," and even if one did not use the facilities, and thus we behave (Abudraham). Water that is invalid for hand-washing for a meal later on (chapter 160) may be legitimate for washing one's hands for prayer. However, there is one who says that one should not recite a blessing upon such.
(ב) ידקדק לערות עליהן מים שלש פעמים, להעביר רוח רעה ששורה עליהן.
(2) Be careful to pour water on them three times in order to remove the evil spirit from them.
Btw: this is my favorite source.
~Daniel Meadvin
(י) נוטל כלי של מים ביד ימינו ונותנו ליד שמאלו, כדי שיריק מים על ימינו תחילה.
(ד) (ד) ואפילו וכו' - והרוצה להסתלק מן הספק יזהר לעשות צרכיו תיכף אחר שעירה מים על ידיו ג"פ וכשיצא מבהכ"ס יטול ידיו פעם שניה ויברך אשר יצר ויצא ידי חובה לכו"ע. וטוב יותר שלא יברך אפילו ברכת נט"י עד לאחר נטילה שניה שנוטל אחר יציאתו מבהכ"ס ובפרט אם היה צריך לנקביו בעת נטילה ראשונה שאז בודאי אינו רשאי לברך. והח"א כתב דנכון להמתין מלברך ענט"י עד לאחר שמנקה עצמו ורוצה להתפלל עי"ש טעמו אח"כ מצאתי בספר מעשה רב שכן היה נוהג הגר"א ז"ל ועיין בבה"ל: